Президент Дмитрий Медведев 12 мая 2008 года подписал Указ, согласно которому Федеральная регистрационная служба (Росрегистрация и ее территориальные органы) с 13 мая 2008 года не является органом государственной регистрации и контроля за деятельностью НКО и общественных объединений.
В обращении к генпрокурору Юрию Чайке правозащитники указали на десятки фактов, подтверждающих, что Росрегистрация и его территориальные органы не исполняют Указ Президента и, явно превышая свои полномочия, продолжают осуществлять функции регистрации и контроля за деятельностью НКО и общественных объединений. Это приводит к многочисленным нарушениям прав и свобод граждан и их объединений.
Так, например, по искам Росрегистрации были закрыты Центр таджикской культуры в Краснодаре и Центр просветительских и исследовательских программ в Санкт-Петербурге. Хотя ФРС не имело никакого права поддерживать исковые заявления и принимать участие в процессах, на этот факт суды не обратили никакого внимания.
Юристы "Прямой линии по защите НКО", инициированной в апреле Ресурсным правозащитным центром и Ассоциацией "Агора", отмечают, что представители НКО не раз обращались с жалобами на Росрегистрацию. Руководитель линии кандидат юридических наук Мария Каневская отмечает, что в некоторых регионах Росрегистрация по-прежнему принимает документы, рассматривает их, но при выдаче готовых свидетельств стоит подпись сотрудника Минюста.
Обобщив накопившиеся к тому времени материалы о незаконных действиях Росрегистрации, 22 мая 2008 года Межрегиональная правозащитная ассоциация "Агора" направила генпрокурору России заявление с требованием принять меры реагирования в отношении Федеральной регистрационной службы. Письмо было получено 30 мая, о чем пришло соответствующее уведомление. С этого дня стартовал положенный по закону месяц для ответа на претензии в адрес Росрегистрации.
Однако ни 30 июня, ни 15 июля ответа от Юрия Чайки не поступило. Таким образом, Генеральная прокуратура нарушила и до настоящего времени продолжает нарушать гарантированное Конституцией РФ (ст. 33) право на обращение в государственные органы, которое предполагает не только право на обращение, но и право на получение от государственного органа в установленные законом сроки мотивированного ответа.