По его словам, то, что "реальная власть в стране сосредоточена в руках корпорации силовиков, является одним из важнейших элементов силовой модели государственного, общественно-политического и экономического устройства России".
"Сам по себе факт нахождения во власти представителей силовых подразделений не катастрофичен, - заметил Илларионов. - Но когда представители спецслужб находятся на вершине власти, не контролируемые никем, навыки и опыт, в которых они воспитывались, становятся навыками и приемами государственной власти, а им там не место".
Андрей Илларионов считает, что в стране сформирована уникальная политическая система, которую он назвал силовой моделью государственного устройства. "Новая модель российского государственного устройства в основном создана. Это силовая модель. Основная ее черта - применение насилия, не ограниченное какими бы то ни было рамками: законом, традицией, моралью".
Андрей Илларионов покинул пост советника президента по экономическим вопросам в феврале 2006 года. Он принимал активное участие в работе конференции "Другая Россия" в июле в Москве. В середине октября стало известно, что он покидает Россию, чтобы работать в Центре по глобальной свободе и процветанию Института Катона в Вашингтоне. Однако он обещал не оставлять публицистической деятельности.